El Museo Arqueológico y Paleontológico de la Comunidad de Madrid se encuentra en Alcalá de Henares. Se trata de la institución de referencia para la custodia del material arqueológico y paleontológico que se recupera en Madrid. Recientemente ha inaugurado la sala de paleontología Emiliano Aguirre, un sentido homenaje a la figura del ilustre paleontólogo, y una oportunidad de conocer el extraordinario registro fósil de la región, que abarca desde el Paleozoico hasta el Cuaternario, destacando las faunas miocenas de la cuenca de Madrid.